Die abgelegene und gebirgige Gegend Bretzwils dürfte erst in späterer geschichtlicher Zeit besiedelt worden sein. Einzig das Bestehen alter Flurnamen lässt die Anwesenheit früherer Volksstämme vermuten. So lebt in den Namen Aleten und Freisnacht keltisches Namengut weiter. In Galm steckt sowohl das keltische calamis = Weide, als auch das lateinische columen = Spitze, Gipfel. Sabel leitet sich vom lateinischen sabulum = Sand, Kies und Strick von striga = langgestrecktes Grundstück ab. Bei Chill dürfte es sich um eine römische oder vorrömische Siedlung handeln. Als einziger römischer Fund ist die im Kantonsmuseum aufbewahrte Vespanian-Münze (Kaiser Vespanian ca. 70 n. Chr.) zu verzeichnen. Solange keine Ergebnisse von Grabungen vorliegen, lässt sich über die frühesten Siedlungen nichts aussagen. Andererseits deuten die vielen -wil-Orte des Bezirks Waldenburg auf die ins 7. Jahrhundert n. Chr. erfolgte Landname durch die Alemannen. Alemannisch sind auch die Namen Schäggligen und Felken entstanden.
In ein Geheimnis gehüllt ist immer der Flurname Heidenstatt. Bruckner schreibt, dass sich auf der Spitze des bewaldeten Berges, „auf Heidenburg“ genannt, einige runde Gräben befinden und die ältesten Einwohner „einiges Gemäuer“ gesehen hätten. Nach Gauss könnte der Ort als Fliehburg oder Refugium während der jüngeren Eisenzeit (400-58 v. Chr.) gedeutet werden. Nach Paul Suter bedeutet Heidenstatt Stätte, als eine römische oder vorrömische Siedlung heidnischer Kelten oder Römer. Sei dem wie es wolle, in Wahrheit weiss man heute über die einstige Bedeutung nichts. Der Platz scheint zwar für eine vor- oder frühhistorische Anlage durchaus geeignet. Die auffälligen Gräben und Risse im Fels sind jedoch eindeutig geologisch bedingt und zeigen keinerlei Anzeichen von menschlichen Eingriffen. Künstlich hingegen scheint der grabenartige Einschnitt auf der Bergseite der Kuppe. Ohne die Durchführung systematischer Sondierungen lässt sich über deren Vergangenheit nichts aussagen.
Ins Licht der Geschichte tritt Bretzwil mit dem Bau der Burg Ramstein durch die Herren von Brislach, ein Dienstmannengeschlecht der Herzöge von Zähringen und nach deren Aussterben der Grafen von Kiburg. Nachdem sie im 12. Jahrhundert die Burg auf bischöflichem Boden gebaut hatten, nahmen sie deren Namen an. Vom Bischof erhielten sie die Ortschaften Bretzwil, Gilgenberg, Nunningen, Meltingen, Zullwil und Zwingen zu Lehen. Wegen einer Missheirat sank der eine Zweig sehr bald in den Stand der Edelknechte. Diese bewohnten den niederen und die Edelherren den oberen Teil des Ritterhauses. 1303 zerstörte der Bischof in einem Kriegszug das Schloss, weil die Ramsteiner in einem zwischen Basel und Habsburg ausgebrochenen Streit zum letzteren hielten und zudem einen Basler Bürger auf Ramstein in Gefangenschaft bewahrten. In Zusammenhang mit dem Wiederaufbau des Schlosses erstellten die Freiherren unter Thüring von Ramstein die Burg Gilgenberg, die nachweisbar 1312 bestand. Von jetzt an war Ramstein der Sitz der Edelknechte, die Freiherren bewohnten vorwiegend die Wasserburg Zwingen und nur selten Gilgenberg. Die Edelknechte führten das Wappen mit den gekreuzten roten Lilienstäben auf goldigem Grund. Das Wappen der Edelherren von Ramstein bestand aus zwei weissen Lilienstäben in schwarzem Grund, das zum Wappen der Herrschaft Gilgenberg mit ausgetauschten Farben wurde (zwei schwarze Lilienstäbe in weiss). Gilge entspricht dem Worte Ilge und bedeutet Lilie. Von jetzt an gehörten zur Herrschaft Ramstein die halbe sogenannte untere Burg mit Burgbann, Äcker, Matten, Holz Feld, Gericht und Zubehörde, ferner das Dorf Bretzwil mit Zwing und Bann, Holz, Feld Fischenzen, grosses und kleines Gericht sowie Güter in Reigoldswil, Lauwil, Ziefen, Niederdorf, Waldenburg, Seewen u.a. Der Herrschaft Gilgenberg waren die Orte Nunningen, Zullwil, Meltingen und Fehren zugeteilt. Sowohl die Freiherren wie die Edelknechte spielten im Basler Domkapitel und in den führenden Kreisen der Stadt eine Rolle. Aus dem Zweig der Freiherren ging Bischof Immer von Ramstein (1382-1391) hervor. Ebenso stellte das Geschlecht wiederholt Mitglieder des Basler Rates und sogar Bürgermeister. Schliesslich sei an den Zweikampf erinnert, den Heinrich von Ramstein, Sohn eines Bürgermeisters 1428 mit dem spanischen Ritter Juan de Merlo auf dem Turnierplatz vor dem Basler Münster ausgetragen hatte.
Mit Rudolf von Ramstein starb 1459 die freiherrliche Linie aus, worauf die Edelknechte die ganze Burg bewohnten. Das Lehen Zwingen fiel an den Bischof von Basel zurück und Gilgenberg mit seiner Geissenvogtei gelangte in den Besitz der Stadt Solothurn. Solothurn hatte übrigens im Jahre 1499 die Burg Ramstein besetzt, musste sie aber nach Friedensschluss den Ramsteinern wieder zurückgeben. Ein Wendepunkt trat ein, als der letzte Edelknecht Christoph von Ramstein am 12. Mai 1518 Burg und Dorf Bretzwil an die Stadt Basel verkaufte. Dies für 3'000 Gulden sowie Seide und Damast für seine Gemahlin. Die für die Rechtsgültigkeit notwendige Verbriefung konnte erst am 8. Januar 1523 stattfinden, nachdem der Bischof seine Einwilligung gegen einen Drittel des Kaufschillings gegeben hatte. Von jetzt an begann die Zeit der 16 Landvögte. Da jedoch der Herrschaftsbereich nur die Gemeinde Bretzwil umfasste und somit unwirtschaftlich war, übertrug die Stadt im Jahre 1668 die Besorgung der Geschäfte dem Schultheissen und Einziehen der Zehnten dem Kornmeister von Liestal. Am 4. März 1673 wurde Ramstein der Vogtei Waldenburg einverleibt und damit die Zahl der oberen Ämter von fünf auf vier herabgesetzt (Farnsburg, Homburg, Waldenburg und Liestal). Der letzte Obervogt auf Ramstein, Hans Heinrich Falkner verliess das Schloss am 13. Juni 1668. Nachher wohnten Bürger und Untertanen gegen einen jährlichen Zins auf der Burg, dann aber auch verdiente Bürger der Stadt: 1685 Peter Häner, Statthalter von Bretzwil. Er erhielt Sommerweide für je 6 Stück „Melchkühe“ und „Gustvieh“ sowie 20 Jucharten Land zur Nutzung zugeteilt, das er von den Untertanen fronweise umfahren lassen durfte. Diese Fronungen hatte im Jahr 1789 Aufstände von Bretzwiler Bürgern zur Folge. Auf den Winter hin musste er das Vieh abschaffen. 1695 Fridolin Hägler von Bretzwil; 1710 Oberzunftmeister Joh. Jakob Merian zu Basel. 1724 Abraham Degen von Liedertswil. 1730 Jakob Christoph Frey, Rat von Basel. 1736 erhielt Chevalier Lucas Schaub Schloss und Gut als Lehen auf Lebenszeit für seine Verdienste beim Lachsfangstreit. Er überliess es aber seinem Schwager Hans Heinrich Wettstein, der es vorerst selbst bewirtschaftete, dann aber am 20. April 1746 an Ulrich Althaus-Jenni verpachtete. Die Nachfolge übernahm sein Sohn Hans Ulrich und von 1809 bis ca. 1850 betrieb Johannes Brunner die Sennerei. Das Schloss wurde um 1770 an Lucas Faesch von Basel und 1793 an Dreierherrn Münch verliehen.
Im November 1644 zerstörte eine Feuersbrunst das Ritterhaus. Bei diesem Brand verhüteten die Frau des Vogts und der Lehenmann ein grösseres Unglück, indem sie zwei Pulverfässer durchs Feuer hindurch wegtrugen. Von jetzt an blieb das Schloss trotz des Bauens und wiederholten Ausbessern in einem dauernden schlechten Zustand. Im Winter 1730 löste sich ein Felsstück, das seither nordwestlich des Wegs gegenüber den Sennhütte liegt und dessen Bruchstelle am Schlossfelsen noch heute gut erkennbar ist.
Während Gilgenberg 1798 durch das Landvolk abgebrannt wurde, war dies bei Ramstein wegen des eingetretenen Zerfalls nicht mehr nötig. Das ehemalige stolze Schloss diente den Einwohnern und ganz besonders beim Bau des jetzigen Sennhauses im Jahr 1808 als Steinbruch. Nach Büchel befand sich das alte Sennhaus (Wohnhaus) an der Stelle der jetzigen Sennhütte, die Stallung (Melkhütte) stand gegenüber am Fusse des Schlossfelsens. Den Turm des Ritterhauses liess Basel bereits im Teuerungsjahr 1770 abbrechen, um armen Leuten Bretzwils Verdienst zu schaffen. Der Taglohn betrug 4 ½ Batzen.
Von 1798 bis 1833 befanden sich Schloss (oder besser Ruine) und Schlossgut im Besitze des Deputantenamtes der Stadt Basel. Nach der Kantonstrennung gingen sie ins Eigentum der Kirchen- und Schulgutverwaltung Basel-Landschaft über.
Nachzutragen ist, dass den Obervögten Beamte mit verschieden Aufgaben zur Verfügung standen. So zählte Bretzwil zum Beispiel 1785 1 Meyer, 1 Kilchmeyer, 2 Bannbrüder, 1 Schulmeister, 2 Geschworene und 10 Gerichtsmänner.
In die Zeit des Amtes Ramstein fallen die beiden unter den Namen Rappen- und Bauernkrieg in die Geschichte eingegangenen Ereignisse. Am Aufstand des Rappenkriegs beteiligte sich Ramstein mit den übrigen Vogteien. Als Abgeordneten an die Tagsatzung von Baden entsandte es 1591 Erhard Weber, für den zwei Bürger das Reisegeld im Dorfe aufnahmen. Auf die Ende April 1594 an die Gemeinden der Landschaft gerichtete Anfrage, ob sie den Gnädigen Herren Gehorsam leisten wollen, antwortete Bretzwil mit einem einhelligen Ja. Lebendiger als der Rappenkrieg hat sich im Denken des Bretzwilers das Ereignis des Bauernkriegs 1653 erhalten, wozu die erstmals 1915 erschienene historische Erzählung „Unterdrückt - nicht überwunden“ des ehemaligen Bretzwiler Pfarrers Karl Brefin beigetragen hat. Es handelt sich um eine freie Erzählung, in der der Autor von dem ihm zustehenden Recht der dichterischen Freiheit Gebrauch macht. Paul Suter fügte deshalb der dritten Auflage von 1963 in einem Nachwort für kritische Leser eine kurze Darstellung der Bewegung und der Helden der Erzählung bei, wie sie sich aufgrund von Quellenforschungen und der Lektüre von neuen wirtschaftswissenschaftlichen Untersuchen ergibt. Im Weiteren kann jedermann, der sich über die geschichtlichen Ereignisse des Bauernkriegs orientieren möchte, die sehr anschauliche Bearbeitung von Paul Suter in den Baselbieter Heimatblättern von 1953 empfohlen werden. Die nachstehenden Angaben stützen sich auf diese beiden Veröffentlichungen.
An dieser Stelle soll einzig des Bretzwilers Isaak Bowe gedacht werden, der von den acht Führern des Aufstands die am bestehen bekannte Gestalt ist. Er war des Lesens und Schreibens kundig und gilt als der denkende Kopf der Bewegung, der Mann, der Mass und Ziel zu halten wusste.
Die Familie Bowe war in Bretzwil seit 1594 als Bürgerfamilie belegt. Isaak Bowe wurde 1615 geboren. 1635 ging er mit Margreth Weber die Ehe ein, der sechs Söhne und zwei Töchter entsprossen. Nach Brefin erscheint die Wohnung auf Freisnacht. In jener Zeit bestanden jedoch in Bretzwil ausser dem Schlossgut Ramstein keine Höfe. Freisnacht, Chrummen und Schäggligen waren private Sommerweiden. Aufgrund von Quellforschungen wohnte die Familie im Dorf, wo sie das Mühlegewerbe betrieb und einen ansehnlichen Grundbesitz besass.
Offenbar fühlte sich Isaak Bowe wegen des rücksichtlosen Verhaltens des Ramsteiner Vogtes Jeremias Faesch verpflichtet, sich für seine Dorfgenossen einzusetzen. Er nahm an den Landsgemeinden von Oberbuchsiten (Ostermontag 1653), Sumiswald, auf dem Altmarkt bei Liestal und Huttwil teil. Auf dem Altmarkt traten er und Uli Schad als Hauptredner auf. In Huttwil erschienen alle 20 Basler Bauern zu Pferd, an der Spitze die beiden vorigen. Bei der Besprechung der Ausschüsse in Sissach, am 26. Mai 1653 trat Isaak Bowe den radikalen Waldenburgern entschlossen entgegen. Aber er richtet nichts mehr aus. Seine früheren Freuende drohten, ihn in stückhen zu zerhacken, so dass er sich auf das Zureden des Homburger Landvogtes Brand in einem Wirtshaus zur hinterthür aus und davon gemacht. Fortan musste Isaak Bowe sowohl vor den Aufständischen, als vor der Regierung auf der Hut sein. In der Zeit der Tätigkeit als Führer der Bewegung verfasste Isaak Bowe mehrere Schriftstücke, die heute noch für seine aussergewöhnliche Begabung zeugen. So stammen von ihm die Klagepunkte der Ramsteinervogtei in der Supplikation (Bittgesuch) vom 30. März 1653, dann der erste Teil der Supplikation vom 9. Mai 1653 mit der klugen Begründung der Teilnahme am Bauernbund und endlich die Unterwürfigkeitserklärung des Ramsteineramtes vom 8. Juni 1653. Die Letztgenannte ist in sehr demütigen Ton gehalten und knüpft an das Gleichnis vom verlorenen Sohn an.
Die gefühlsmässigen Erregungen hatten einen Stand erreicht, der Isaak Bowe am 9. Juni 1653 zur Flucht vor einer drohenden Gefangennahme zwang. Vorerst hielt er sich in einem Versteck in Bretzwil auf, dann entfernte er sich in schwarzen Spitzhosen und in geschorenem Bart. In einem Brief vom 10. Juni - sich im finsteren Wald und unter einer dicken Tanne aufhaltend - bat er den Bürgermeister und den Rat der Stadt Basel reumütig um Verzeihung und wünschte, mit den Seinen das Land verlassen zu dürfen. Ein weiteres Schreiben an seinen Hauptgläubiger Faesch, den Vater des Landvogtes erinnerte an das Gute, das er von dieser Familie empfangen hatte und enthält den Verzicht auf eine Auswanderung, weil er sein Gut in Bretzwil nicht verlassen wollte. Es ist nicht bekannt, wie diese Bittgesuche aufgenommen wurden. Tatsache bleibt die Empfehlung von Freunden, sich in die Büsche zu schlagen, bis der Zorn der Obrigkeit verraucht sei. Somit begann seine Reise ins Exil. Durch den Schwarzwald bis Villingen und weiter bis Landau in der Rheinlandpfalz. Diese über 600 km lange Fussreise endigte im Herbst mit der Heimkehr durchs Elsass. Als er sich jedoch zur Herbstsaat auf dem Felde zeigte, musste er abermals die Flucht ergreifen. Diese zweite 800 km lange Wanderung führte ihn ins Marktgrafenland, dann bis Nördlingen im Schwäbischen Jura und schliesslich bis Eberbach am Neckar. Heimweh und Sorge um die Familie treiben ihn im Laufe des Januar 1654 in seine Heimat, wo er unerfreuliche Familien- und Felderzustände antraf. Im Februar meldete er sich beim Vogt, worauf er nach Basel überführt und auf dem inneren Spalenturm bis zum Herbst in Gefangenschaft gehalten wurde. Das verhältnismässig milde Urteil lautete: Ehr- und Wehrloserklärung und Einbannung. Die Tragung des Lastersteckens wurde vom Ratschreiber durchgestrichen.
Zehn Jahre später reichten sein Sohn Hans Georg Bowe, sein Bruder Werli Bowe und ein weiterer Verwandter eine Bittschrift ein, aufgrund der er "in ansehnung seines habenden guten Verwandter, wiederum begnadigt, also das er gleich anderen Landleuten hinfüro aller Orten handeln und wandeln mag". Dieser Beschluss stellt der von Bürgermeister Wettstein geleiteten obersten Behörde ein gutes Zeugnis aus. Die Gnade wurde einem Führer der Rebellion zuteil, den man auch heute noch liebt und ehrt, auch wenn er kein steinernes Ehrenmal erhalten hat.
In der Folgezeit übernahmen seine Söhne das Gut in Bretzwil und er erwarb die Untere Mühle zur Reigoldswil mit 2 Mahlhäusern, einer Rennle, einer Stampfe, einer Ölrotte und einer Haderdarren. 1675 verkaufte er die Mühle und lebte bis zum Tode auf seiner Liegenschaft im Reigoldswiler Dorfteil Oberbiel, in der Nähe des Gempisgutes. 19 Jahre nach seiner Begnadigung, 28. Februar 1683 wurde Isaak Bowe auf dem Friedhof Reigoldswil bestattet. Seine Frau war ihm 1675 im Tode vorangegangen.
Diese äusserst kurzen Ausführungen zeigen nicht nur, dass das vermeintliche tragische Ende Isaak Bowes dahinfallt, sondern auch, dass die Obrigkeit ein Einsehen hatte, indem sie den denkenden Kopf der Rebellion rechtzeitig begnadigte.
Nicht bloss Aufstände und wirtschaftliche Nöte belasteten die Menschen früherer Zeiten, sondern ebenso die Pest. Die Beulen- und die Lungenpest überschwemmten während Jahrhunderten vom Osten her ganz Europa. Innert weniger Stunden starben die Menschen. Wegen der Ansteckungsgefahr fanden die Bestattungen ohne jede Feierlichkeit statt. 1611 suchte sie die Gemeinden Bretzwil, Lauwil und Reigoldswil von Mitte des Jahres bis in den Herbst hinein heim und 1629 starben in Bretzwil 86 Personen, so dass im folgenden Jahr nur noch 28 verheiratete Bürger übrig blieben.
In den Trennungswirren hielt Bretzwil mit anderen Posamentergemeinden zu Basel. Im Januar 1831 waren die Gemeinden Bretzwil, Reigoldswil, Lauwil, Titterten, Bretzwil, Bubendorf und Lupsingen sogar bereit, sich der Anarchie bewaffnet zu widersetzen. Einige Basler Offiziere organisierten den Landsturm für die Gegenwehr. Um diesen Widerstand zu brechen, rückte Hauptmann Karl von Blarer mit einigen 80 Mann Landwehr von Muttenz über das Gempenplateau nach Bretzwil. Der Landsturm treib ihn gegen Ziefen ab, wo der Basler Major Riggenbach die ganze Abteilung entwaffnete. In der Gemeindeversammlung vom 7. August 1831 wurde ein Aufsatz verlesen, nach dem Bretzwil keine Trennung von Stadt und Land verlange und auch zu keiner Zeit dafür eintreten werde. Von 57 anwesenden Bürgern hatten 50 "für unterschreiben" gestimmt. Das sich die Bretzwiler mit der Kantonstrennung nur schlecht abfinden konnten, geht durch die Annahme eines Antrags auf Wiedervereinigung an einer Gemeindeversammlung von 1838 hervor. Bretzwil nahm sogar einen Anlauf, in den Gemeinden Reigoldswil, Ziefen, Arboldswil und Lupsingen Anhänger für ähnliche Beschlüsse zu werben. Die Bretzwiler erlebten jedoch eine Enttäuschung, indem ihnen der Basler Gerichtspräsident La Roche mitteilte, dass in der Stadt der Anschlusswunsch nicht das geringste Echo gefunden habe. Der Regierungsrat Basel-Landschaft hielt es für angebracht, aus der Affäre nicht viel Aufhebens zu machen und liess Bretzwil mit einem scharfen Verweis davonkommen.
Seit 1673 ist Bretzwil mit Waldenburg verbunden, bis 1798 gehörte es zum Waldenburger Amt und seither zum gleichnamigen Bezirk, vorerst des Kantons Basel und dann des Kantons Basel-Landschaft.